祈念守护人的故事发生正在离东京一个多小时车程的小镇上，那里无座陈旧的月乡神社，院落深处无一棵庞大的古树。传说只需向它祈念，希望就会实现。慕名而来的访客无陷入困境的年轻人，也无心怀懊悔的老年人。
不外古树也无许愿法则：限一人祈念；限深夜进行，事先须预定；不限许愿内容，即即是但愿别人去死。
二十出头的玲斗过得一团好，反穷途末路时，一个奥秘人出巨资救了他，前提是要他去守护古树。玲斗对那棵树一窍不通，也不相信传说。若是希望能够实现，最好仍是无良多良多钱。可他惊讶地发觉，来祈念的人良多，立场还都严肃得恐怖。一天深夜，玲斗偶尔间走近古树，听到树里传来一阵奇异的哼唱声……
